De même que pour tous les produits transformés, il y a un enjeu à garantir la qualité des produits de santé à base de plantes. Cette contrainte est d'autant plus présente que les plantes médicinales (i) ont une composition variable selon les facteurs environnementaux auxquels elles sont exposées, (ii) sont dans la majorité des cas des produits de cueillette ce qui entraîne des erreurs potentielles d'identification et des risques de contamination, (iii) sont des matières premières sensibles à l'altération.
Pour ce faire, le réseau QUALITY participe à la recherche de marqueurs d'identification spécifiques, sorte d'empreinte phytochimique, des espèces de plantes. Il constitue des monographies de plantes médicinales. Ces documents regroupent l'ensemble des données sur une espèce botanique et peuvent ainsi être utilisés comme référence pour le contrôle qualité des matières premières et extraits de plantes. Le réseau QUALITY apporte également son soutien pour la création de laboratoires certifié « centre de contrôle qualité ». En effet, le développement de cette offre de service est essentiel pour accompagner le déploiement des réglementations relatives à la qualité dans les pays du réseau.